聚类热图的意义本文不再阐述,可以参考读文献先读图——文献中最热的热图怎么看。要绘制聚类热图,首先去官网下载插件“Heap map with dendrogram”,拖拽到origin的右侧app栏,没有app栏的点击上方“查看”勾选app就行了。
输入数据
安装好后,输入数据,有两种输入方式,这也决定了横纵坐标轴的变量,比如想把样品列为横坐标轴,如图1所示输入数据,反则按图2。
绘图
全选数据,点击Heap map with dendrogram的图标即可绘制,注意删掉空白列,否则会出现缺失值导致无法绘图。一般而言,默认采用聚类方法采用“平均”,距离类型为“Euclidean”,聚类数目为“1,根据你输入数据的方式勾选对行还是对列进行标准化,然后确定绘图。
关于数据的标准化,这边提供参考资料标准化和归一化,请勿混为一谈,透彻理解数据变换 ,标准化不能定区间范围,也不改变数据分布类型。
美化
对做出来图进行适当的美化,修改坐标轴标签字体,线条粗细,图例的样式、标签字体格式、边框、轴刻度、图案的颜色映射等等。
图案的颜色可选择有限混合和三色混合,配色方案可以参考优秀的sci论文,这里仅供参考
最后可以添加网格线,来修饰下图形,不那么单调
成果图
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